小兒髓母細胞瘤的預後相對是較好的。對於髓母細胞瘤，影響其預後的主要因素有：年齡因素、手術切除腫瘤的程度、腫瘤的臨床分期、是否有遠處轉移、高風險的患者是否接受了化療等。通過手術治療、放射治療等有效的抗腫瘤治療手段後，小兒髓母細胞瘤低危組病例，其5年生存率可以達到80%左右，5年的無瘤生存率達到60%左右。而高危組的患者5年的生存率只有50%左右，無瘤生存率也只有30%-40%左右。