治療腎囊腫一般沒有特效藥，因為目前為止還沒有任何一種藥物可以讓腎囊腫消失，所以臨床上腎囊腫的治療往往也不會單純的使用藥物來進行治療。一般來說，腎囊腫如果體積比較小，沒有特殊臨床症狀，可能進行定期的複查就可以。
如果囊腫體積比較大，比如直徑＞4cm，而且出現腰痛等一系列的臨床症狀，可能就需要進行積極的手術治療，單純的使用藥物治療效果不明顯。目前進行手術治療主要是通過腹腔鏡下進行腎囊腫去頂減壓手術，這種手術對病人的損傷比較小，術後恢復也比較快。一般來說，併發症也是比較小，腎囊腫的病人預後也是比較良好。