腎囊腫的發病機制和病因不清楚，無法有效規避腎囊腫。腎囊腫是腎小管憩室所形成，隨著年齡的增長，腎囊腫逐漸增多，形成腎多發囊腫。腎囊腫一般預後好，不會引起高血壓、血尿、腎功能下降。
腎囊腫需要和多囊腎進行鑑別，多囊腎是一種遺傳性疾病，有家族史，可引起血尿、高血壓、腎功能下降，可以通過腎臟CT、磁共振進一步排查。多囊腎一旦出現了腎功能下降，就呈慢性進行性進展疾病，直至腎衰竭的終末期尿毒症期。一旦出現了尿毒症的症狀，比如噁心、嘔吐、食慾減退、胸悶、氣促、呼吸困難，出現了尿毒症腦病的表現，精神錯亂、幻覺、昏迷，出現了嚴重的代謝性酸中毒，出現了重度貧血，貧血難以糾正，出現感染，感染難以控制，此時需要進行腎臟替代治療，如血液透析或者腹膜透析治療。