腸結核在早期最常見的臨床症狀是腹痛，尤其多見於右下腹部疼痛，因為腸結核的合法部位是回盲部為右下腹。經常會出現上腹部疼痛，或者臍周疼痛，這是因為回盲部的病變所引起的牽涉痛，如果在此時做體格檢查可以發現右下腹部是明顯的壓痛點，這種疼痛往往表現為隱痛或者鈍痛，有的時候進餐以後，可以誘發腹痛，伴有明顯的便意，排便以後可以得到緩解。