四聯治胃病的藥物副作用一般都不大，四聯治胃病的藥物包括有質子泵抑制劑，比如奧美拉唑、雷貝拉唑、泮托拉唑等，選其中一種即可。兩種抗生素，包括阿莫西林、克拉黴素、紅黴素、甲硝唑，選其中兩種即可，以及一種鉍劑，比如枸櫞酸鉍鉀或者膠體果膠鉍。
四聯療法主要的副作用是抗生素會導致胃腸道的不適，部分會有噁心、反胃、嘔吐的表現。一般都能堅持，能夠耐受一個療程的治療。有一種明顯的副作用就是口苦，克拉黴素口服之後有明顯的口苦表現，會對食慾有一定的影響，但不影響治療。如果使用紅黴素，會有胃腸道不適的表現，可有明顯的反胃、噁心。如果有這種副反應，可以把抗生素放在飯後口服。有部分人會出現抗生素過敏的現象，比如在吃藥期間出現皮疹、皮膚瘙癢等現象，這時需要諮詢醫生，調整用藥。如果出現了明顯的副反應，需要及時的調整用藥或者停藥觀察。