由於尿道上裂常表現為正常的生理解剖位置異常，生殖器畸形的症狀，會對患兒的心理健康產生影響。因此一旦確診尿道上裂，要及時的在合適的時間進行治療。一般男性患者，選擇手術的時間在三歲以後進行比較好，最適宜的時間為4~5歲，不利於青春期的發育。女性患兒一般在一歲半到兩歲期間進行比較好，也可選擇分期手術治療，先進行生殖器尿道成形，在4~5歲時進行膀胱鏡修復。