食道癌化療的副作用主要表現為噁心、嘔吐、食慾不振、腹瀉等胃腸道反應，也會出現明顯的毛髮脫落現象。血液系統方面會出現逐步的白細胞的降低、貧血以及血小板降低等骨髓抑制的症狀。腎臟方面會表現為遠期的腎毒性反應。少數會出現精神興奮症狀，影響睡眠。如果注射局部發生滲漏，會出現明顯的刺激症狀，甚至出現組織壞死。食道癌化療藥物的組合不同副作用的表現也不完全相同。