胸腺瘤的分型和能否完全手術切除胸腺瘤，是胸腺瘤患者預後的獨立危險因素。其中能否完全手術切除是胸腺瘤患者最重要的預後因素。對於1期、2期患者，死於胸腺瘤本身的只佔很小的比率。1期、2期、3期、4期的患者，10年無瘤生存率，分別可達94%、88%、56%和33%。對於復發的胸腺瘤患者，手術是最重要的治療手段。復發後完全切除的患者，5年生存率達到72%，不完全切除的患者只有0-25%。