黴菌性食道炎最多見的黴菌感染是白色念珠菌病，特效藥物是抗真菌的藥物，如氟康唑、伏立康唑或制黴菌素等。黴菌性食管炎多見於抵抗力極低的病人，如糖尿病、腫瘤、放療的病人或用免疫抑制劑的病人，有些黴菌是由於口腔的黴菌吞嚥下去所導致。
黴菌性食道炎在胃鏡下可以看到食道的黏膜有乳白色的物質附著，患者一般無臨床症狀或僅表現為反酸、噯氣、燒心、吞嚥困難等。由於大多數的黴菌性食管炎患者往往合併有免疫功能低下，這種情況需要治療原發疾病，必要的時候可根據症狀，加用促動力藥和食管黏膜的保護劑，如嗎丁啉、達喜等。很多黴菌性食管炎患者往往合併營養不良，需要改善患者的基礎情況，加強支持治療和營養。