在臨床上比較常見的甲狀腺相關疾病有甲狀腺功能亢進症、甲狀腺機能減退症，以及甲狀腺炎，甲狀腺炎包括自身免疫性的甲狀腺炎，就是平時常說的橋本甲炎，還可以有亞急性的甲狀腺炎。甲狀腺炎是一個甲狀腺的病毒感染。
另外，甲狀腺功能可以不出現沒有問題，比如甲狀腺結節，即甲狀腺上出現異常的組織，但是甲狀腺的功能沒有受影響。甲狀腺結節分良性、惡性，如果是惡性的結節，則屬於甲狀腺癌。甲狀腺的不同疾病，在治療方法上也有很大差別。