甲狀腺疾病掛什麼科室，要看具體甲狀腺疾病的類型，通常建議甲狀腺疾病可以先選擇內分泌代謝病科。
甲狀腺屬於內分泌腺體，如果出現了功能異常，如甲狀腺功能亢進症或者是甲狀腺功能減退症，在功能狀態的異常情況下，需要進行內分泌專科進行功能調整，同時針對引起甲狀腺功能異常的原因，在內分泌科也可以進行相關的檢查與治療。甲狀腺在進行影像學檢查時，如果發現存在甲狀腺結節，對於良性結節，可以定期在內科進行隨訪，但是如果良性結節體積較大，導致患者出現壓迫症狀，如出現吞嚥困難、呼吸困難時，或者考慮是惡性結節，有甲狀腺癌的可能性，建議轉到甲狀腺外科進行隨訪。
所以甲狀腺疾病通常可以選擇內分泌科和甲狀腺外科進行隨訪與觀察疾病，對於甲狀腺疾病需要內科治療時，通常在內分泌科完成即可，需要外科治療時，需要到甲狀腺外科進行處理，還有一些甲狀腺功能亢進症患者需要進行碘-131治療，這個時候還需要核醫學科來共同治療。