不同的甲狀腺疾病病因不一樣，先天性的甲狀腺發育異常或者是甲狀腺手術破壞，或者是自身免疫的損傷都可引起甲減。甲亢既可以是自身免疫性的瀰漫性甲狀腺腫，也可以是多結節性的甲狀腺腫出現甲亢，高功能的甲狀腺瘤也可引起甲亢。甲狀腺癌是由於遺傳或者環境因素共同作用，各種甲狀腺疾病都可以引起甲狀腺結節，甲狀腺結節並不是疾病的診斷，僅僅是臨床表現。另外，像地方性的甲狀腺腫是由於飲食當中碘的攝入不足引起的，像各種甲狀腺的炎症是由於病毒感染或者自身免疫性的原因。甲狀腺疾病病因非常的複雜，需要找到病因進行相應的治療。