胃腸道間質瘤術後一般選擇胃鏡檢查，複查胃局部的情況，有無復發。CT檢查是最常用的複查檢查項目，可以直接的觀察全腹部情況，有無出現復發及轉移，特別是增強CT，常常在臨床上作為首選。當然胃腸道間質瘤術後的檢查還包括血常規，腫瘤標誌物、肝腎功能等相關情況判定的檢查。另外，複查的時間，前2年每3-6個月複查1次，沒有異常，後面可以逐漸減少複查次數。