子宮內膜異位症最佳的輔助檢查方法有以下幾種：
一、子宮附件超聲檢查。通過子宮附件超聲可以觀察到子宮內膜異位病灶的異位部位，並且可以測量出異位病灶的大小、囊內液的初步影像學情況。
二、需要進行婦科內診，對於子宮內膜異位症婦科內診也是必不可少的檢查項目。通過婦科內診可以觀察到子宮內膜異位病灶的部位、活動度，與周圍組織之間的關係，來進一步的評估下一步的治療。
三、必要的時候還需要進行盆腔磁共振、卵巢腫瘤標誌物等相關檢查，來協助診斷以及評估治療方法。