巧克力囊腫屬於子宮內膜異位症的一種，即子宮內膜異位於卵巢，該病屬於良性的婦科腫瘤，一般情況下，是不會引起癌變的。只有極少數病人，因為身體虛弱，體質免疫力下降等原因，巧克力囊腫很多年不愈，會有發生癌變的幾率，而引起卵巢癌，但是這樣幾率很小，不會超過1%。再就是臨床上巧克力囊腫患者會引起痛經，並且會進行性加重，所以一般是會進行治療的，治療後可以痊癒，所以一般不會引起癌變。