卵巢巧克力囊腫是具有生長功能的子宮內膜種植在卵巢上引起的，卵巢巧克力囊腫當然能懷孕的，如果囊腫不是很大，也沒有明顯的症狀，可以先備孕。一旦懷孕成功，就是對卵巢巧克力囊腫最好的治療。所以沒有什麼症狀的時候儘快備孕，還是能夠成功受孕的。但是卵巢巧克力囊腫可以引起不孕，因為子宮內膜異位症可以引起盆腔的粘連，受累的卵巢與周圍組織有可能粘連妨礙卵泡的發育及排卵。另外也可以引起輸卵管的粘連扭曲，造成不通暢或者堵塞，也有一部分患者因此不孕。如果備孕沒有成功懷孕的話，可以進一步查明原因，對因對症治療，一般也會成功懷孕的。