巧克力囊腫一般多久會復發，沒有確定的時間段，這與患者的個人體質，疾病的嚴重程度，年齡都有關。通常情況下，如果年齡小於40歲，術後可能會在2~3年內有復發的可能性。如果大於45歲，復發的可能性降低。預防巧囊的復發，可以口服短效避孕藥6個月。如果有生育需求的，巧囊術後儘早懷孕，懷孕可以延緩子宮內膜異位囊腫的復發。