巧克力囊腫是子宮內膜異位症的一種特殊形式，是子宮內膜異位到卵巢上，每次月經來潮時異位的內膜會像子宮內膜一樣出血，時間長了就逐漸包裹形成了囊腫，囊腫呈紫蘭色，故稱為巧克力囊腫。巧克力囊腫隨著月經的繼續會逐漸增大，痛經也會逐漸加重，不可以自行癒合的，不來月經或絕經了後，巧克力囊腫可以自行縮小甚至消失。巧克力囊腫需要考慮用藥治療，必要時需要手術治療。