中藥治療巧克力囊腫是有一定的效果的，但是需要進行辨證使用，並不某一個藥方就可以治療這類的病症。這樣的病症按傳統的中藥治療辦法，就是選擇活血化瘀類的中藥治療，但是一定是需要有瘀血的病症才行，如果這樣的病症原因是屬於虛寒性或是溼熱性，那採用活血化瘀的藥物效果就不好，因此需要去醫院進行檢查後再選擇對症的中藥治療。