巧克力囊腫屬於子宮內膜異位症的一種，會引起痛經，隨著月經的來潮，子宮內膜脫落，有逐漸增大的趨勢，痛經也會進行性加重。如果檢查發現巧克力囊腫大小為3cm，說明並不是很大，可以根據具體症狀選擇治療方法，如果患者痛經不嚴重，可以用桂枝茯苓丸、少腹逐瘀膠囊治療，或者是用中藥活血化瘀治療。如果囊腫有增長的趨勢，或者是出現囊腫扭轉、破裂等急症，就需要給予手術治療，可以選擇腹腔鏡或者是開腹手術進行巧克力囊腫剝除術。