惡性巧克力囊腫是比較嚴重的，臨床上可以根據巧克力囊腫的大小分為良性和惡性。一般巧克力囊腫直徑大於三釐米為惡性，一旦發現要立即進行手術，否則繼續生長增大就會發生破裂或者發生癌變的風險。巧克力囊腫一旦發生破裂，有可能會出現大出血，腹腔感染，嚴重的會威脅到患者的生命。若發生惡變，也會發生遠處轉移。治療上除了及時做手術，沒有更好的辦法。