巧克力囊腫破裂會導致劇烈腹痛，囊液流出，廣泛種植於盆腹腔內，造成急性腹膜炎，屬於婦科急腹症，需要急診手術治療。另外盆腹腔的內膜異位病灶，會隨著月經次數增加而逐漸生長，形成多發的巧克力囊腫病灶，患者痛經及性交痛加重，盆腔粘連引起輸卵管失去功能，引起不孕或宮外孕，嚴重影響女性生殖健康及生活質量。故巧克力囊腫應及時治療，避免發生破裂。