如果現在巧克力囊腫還比較小，平時沒有比較明顯的不適症狀，這種情況不會影響到懷孕。如果現在懷孕，對巧克力囊腫還有一定的治療作用。不過巧克力囊腫是由於子宮內膜異位到卵巢造成的，如果比較嚴重的巧克力囊腫，使卵巢無法正常排卵有可能會影響到懷孕。如果備孕半年沒有懷孕，這種情況需要調理子宮內膜異位，比較大的巧克力囊腫需要先進行手術，手術以後儘早懷孕。