巧克力囊腫也就是子宮內膜異位囊腫，可能會引起患者進行性加重的痛經，並且囊腫會逐漸的增大。當囊腫增大到一定程度，可能會出現扭轉或破裂，破裂後盆腹腔可能會被子宮內膜異位病灶廣泛種植，出現盆腔黏連、盆腔痛、性交痛等症狀，且疼痛逐漸加劇，以月經來潮前最明顯。輸卵管變形扭曲失去功能，患者有可能出現繼發性的不孕或者是宮外孕的情況。