羊水穿刺可能會導致血液傳染，如果寶寶血型是RH陽性，媽媽是RH陰性，羊水穿刺可能會導致胎兒溶血。羊水穿刺過程中可能會帶進去細菌導致感染，嚴重者會出現羊膜炎。也可能會導致胎膜早破甚至早產，胎膜早破流出的羊水一般都很少，過幾天就可以自行癒合。還可能會刺傷胎兒，但是一般對寶寶也沒有什麼影響，個別人可能會出現新生兒呼吸窘迫綜合徵。