宮頸癌四價疫苗的副作用最常見的就是局部的副作用，一般宮頸癌疫苗是在女性的上臂進行注射，注射之後在注射的局部有可能會出現硬結、紅腫、疼痛等現象。症狀持續的時間要因人而異，有的人甚至持續半個月，局部的症狀才會逐漸緩解。
再有就是全身症狀，例如發熱、暈厥等，但是宮頸癌疫苗全身的副作用發生幾率是非常低的，目前臨床上的宮頸癌疫苗相對較安全，在臨床上還沒有明顯的不良反應發生。