多囊卵巢綜合徵是種特殊的疾病，原因並不十分清楚。其發病因素目前認識仍然不一致，可能與以下因素有關，腎上腺皮質功能出現旺盛時，也就是多囊卵巢綜合徵常起病於青春期，在初潮前兩年，腎上腺皮質功能可以導致雄激素增多，這時可以發生多囊卵巢綜合徵。
胰島素抵抗和高胰島素血癥，也可以造成多囊卵巢綜合徵。遺傳因素也是導致多囊卵巢綜合徵的重要原因，部分多囊卵巢綜合徵的患者，存在明顯的家庭聚集性，主要以常染色體顯性方式遺傳。研究表明多囊卵巢綜合徵候選基因位於19P13.3區域，這是由於基因導致的多囊卵巢綜合徵，總之，多囊卵巢綜合徵的病因並不十分清楚。