新生兒呼吸窘迫綜合徵最常見的後遺症就是支氣管肺發育不良。它是一種慢性肺疾病，多見於給寶寶使用高濃度氧和機械通氣後，導致寶寶病情遷延不愈或好轉後出現缺氧及呼吸窘迫，寶寶存活後常需要依賴氧和呼吸器輔助通氣來維持呼吸。1-2歲內的寶寶經常會出現反覆的下呼吸道感染，可出現寶寶的生長發育落後或停滯，寶寶的肺纖維化，心肺功能也不正常。新生兒呼吸窘迫症多見於早產兒，故預防早產尤為重要。