大部分的川崎病能夠徹底治癒。川崎病的徹底治癒，就是川崎病治療以後沒有留下任何併發症。川崎病最常見的併發症就是冠狀動脈的病變，其中包括冠狀動脈的輕度擴張、冠狀動脈的瘤樣改變，以及巨大冠狀動脈瘤，甚至於還有其他中小血管的動脈瘤表現，這些是川崎病最主要的併發症或者後遺症，當然還有一些無菌性的關節炎、無菌性的腦炎等等。
如果這些併發症經過最後的處理都恢復為正常，就叫做川崎病徹底的治癒。但巨大的冠狀動脈瘤不可能完全治癒，只有輕度擴張或者輕度的動脈瘤，以及一過性的關節炎可以徹底治癒。因此大多數川崎病能夠徹底治癒，還有一小部分因為出現了中到大型的冠狀動脈瘤，就沒有辦法徹底治癒，需要長期隨訪治療。