川崎病主要是冠狀動脈的病變，可能會造成缺血性的心肌病甚至心衰、猝死等等。川崎病預後一般比較好，有自限的趨勢，只有1%-3%的孩子可能出現多次復發。特別是合併有冠狀動脈擴張的孩子，可能長大以後出現冠狀動脈瘤或者伴發有心肌缺血、損傷、心律不齊，或者疾病遷延不愈影響孩子的健康。一般冠狀動脈擴張和中小冠狀動脈瘤經過有效的治療之後，兩年左右基本能夠消失，但是容易遺留管壁的增厚或者彈性減弱等等。大血管瘤如果不容易消失容易形成血栓或者後期管壁狹窄，可能會影響到孩子的生命安全。