川崎病現在認為是一種全身性血管炎的疾病，容易累及到全身的中小動脈，尤其是引起冠狀動脈。病因或者病理、機理目前不是太清楚，目前考慮可能跟以下幾個因素相關：
1、因為川崎病是血管炎，應當是屬於一種免疫性疾病，所以免疫機制在裡面起著很大的作用。
2、現在認為川崎病可能跟感染也有一定的相關性，就是感染可能是它的誘因，比如病毒感染或者細菌感染以後誘發的川崎病。
3、也有些人認為可能跟環境因素有關係，比如塵蟎或者其它因素，遺傳的易感性等等也都可能誘發川崎病。