兒童川崎病一般為自限性疾病，多數預後良好。治癒的時間因孩子的病情嚴重程度而不同。對於無冠狀動脈病變的孩子，阿司匹林需要維持治療6-8周，故一般2個月左右能治好。但極少數的孩子，病情會復發，應出院後1、3、6個月及1-2年進行一次全面檢查，包括體格檢查、心電圖和超聲心動圖等檢查。而對於有冠狀動脈病變或冠狀動脈瘤的孩子，治療時間相對較長，治療需要維持到冠狀動脈恢復正常為止。而且應長期密切隨訪，一般每6-12個月一次。大多數的孩子經過治療，冠狀動脈瘤多於病後2年內自行消失，但孩子的動脈管壁會增厚和彈性減弱，常易引起血栓形成或管腔狹窄。