兒童川崎病絕大多數能治好。兒童川崎病的預後多與孩子心血管系統受累的嚴重程度有關。其治療主要給予阿司匹林、丙種球蛋白、腎上腺皮質激素等藥物治療，以防治孩子出現動脈炎及冠狀動脈病變。但在疾病的急性期，大約有30-50%的孩子可出現心臟炎、冠狀動脈擴張或冠狀動脈瘤。大多數伴心臟炎的孩子，多在病後2個月左右能自行恢復，但也有個別孩子會死於心臟炎。冠狀動脈擴張多於病後半年左右縮小或恢復，而冠狀動脈瘤則在病後1-2年內才能恢復或縮小。個別伴有巨大冠狀動脈瘤的孩子，可能需要行手術治療，也可能會因心肌梗塞或動脈瘤破裂死亡。對於經治療處於恢復期的孩子，還應每隔3-6個月隨訪1次，2年後每年複查1次。