小兒抽動症的病因目前還沒有完全明確，一般認為抽動症的病因可能是遺傳因素、神經生理、神經生化，以及環境因素多方面作用的結果導致，常見原因如下：
1、遺傳因素：有人認為小兒抽動症可能是一種多基因的遺傳性疾病，比如家族成員當中存在有多動症，直系親屬發生多動症的幾率就會比同齡的小兒明顯增高；
2、神經生化因素：比如抽動症的小兒會表現出多巴胺活動過度、受體超敏，或者5-羥色胺的水平降低；
3、其他原因：還有一部分小兒抽動症存在有特殊的非特異性的腦電圖異常，少數小兒頭CT檢查可能存在有腦萎縮，還有一部分可能存在有基底節縮小，或者胼胝體減小。除此以外，還有一部分可能跟鏈球菌感染，或者是特殊的藥物也有一定的關係。