孩子得腦膜炎主要原因是兒童血腦屏障發育不完善，當人感染細菌或病毒後血液中的細菌或病毒可隨血液循環到腦部，再透過血腦屏障後感染腦組織，引起腦炎或腦膜炎。另外還可以通過鄰近部位的感染引起腦膜炎，如小兒中耳炎如果不及時治療容易引起腦膜炎。還有通過局部破損處直接感染，如小兒有頭部外傷，細菌可以通過破損的頭皮進入頭部感染引起腦炎。