精子畸形率高與胎兒出生畸形是沒有關係的。精子畸形率高屬於畸形精子症，產生的原因比較多，包括了生殖道感染、精索靜脈曲張、精子在附睪中成熟障礙等。這可以導致精子的活力下降，精子的受精功能障礙，所以畸形精子症所引起的是精卵結合能力的下降。導致胎兒畸形的原因比較複雜，可能是是精子和卵子在受精之前就存在遺傳物質異常或在受精之後出現基因突變等現象。