臨床上引起精子畸形的原因有很多，精子的形成主要是在睪丸內形成，並且受到體內內分泌激素的調控，當體內的雄性激素水平降低時，容易引起精子活力下降，精子產生畸形。另外如果造成精索靜脈曲張引起的睪丸淤血，使得睪丸缺血，缺氧也會引起精子畸形增高。泌尿生殖道的感染，也是引起精子畸形的常見原因。先天性的隱睪，由於睪丸的環境發生變化，也是造成精子畸形的原因。