少精症目前尚缺乏特效療法，休息和對症治療對臨床治療至關重要，主要包括去除原發病、消除生殖系感染、維持良好的生活習慣、保持個人衛生、戒菸限酒、積極鍛鍊。
一、一般治療
糾正不良的生活習慣，遠離放射線、重金屬、高溫等環境。
二、藥物治療
1、針對患者性腺功能低下的治療：
（1）雌激素：大劑量雌激素的攝入可通過抑制垂體促性激素的分泌，從而影響曲細精管的精子發生直至無精子症。當治療停止後，原來被抑制而貯存的促性腺激素釋放，使精子的發生恢復到治療前甚至更高的水平，精液中精子計數及精子活力明顯增加，可超過治療前的水平。常用的有庚酸睪酮、丙酸睪酮，副作用主要有前列腺增生、乳房增生等，用藥時應注意隨訪監護。
（2）抗雌激素藥物：常用的藥物主要有克羅米芬及他莫昔芬等。
（3）人促性腺激素：人促性腺激素中絨毛膜促性腺激素(HCG)及人絕經期促性腺激素(HMG)均為糖蛋白激素，此類藥物適用於繼發於垂體腫瘤、高泌乳素血癥等疾病的繼發性性腺功能低下的患者。
（4）芳香化酶抑制劑(睪內酯)：雌二醇可抑制間質細胞產生睪酮，間接抑制生精功能。睪內酯是一種阻止睪酮轉化為雌二醇和雄烯二酮的芳香化酶抑制劑，用藥後可降低血清雌二醇和雌酮的水平，而使睪酮及雄烯二酮上升，改善精子密度，提高生育力。
（5）胰激肽釋放酶：胰激肽釋放酶可參與精子的生成、排出和刺激精子活動，臨床上可治療特發性少精症。
2、改善微循環的治療：可用七葉皂苷類和胰激肽原酶，通過這兩種藥物改善局部微循環，加強患者睪丸的生精功能，提高患者精子質量。
3、其他藥物治療：
（1）抗氧化治療藥物：可改善全身或局部的微環境，可改善精子的生成環境，常見的藥物包括維生素A、維生素C、維生素E及鋅劑等。
（2）改善細胞能量代謝的藥物：該類藥物參與細胞能量代謝，對精子的發生起著很重要的作用，常見的藥物包括輔酶Q10和己酮可可鹼等。
三、手術治療
1、睪丸固定術：成人隱睪一般仍可行睪丸固定術，若單側隱睪且該側睪丸已高度萎縮，應行睪丸切除，以防睪丸惡性變。
2、精索靜脈高位結紮術：對較重的精索靜脈曲張而症狀嚴重者、經非手術治療後症狀未見緩解者，或已影響生育者可行手術治療。
四、中醫治療
可在中醫指導下通過中藥進行改善，可選擇血府逐瘀湯，能夠活血通絡、化瘀生精。
五、其他治療
1、高壓氧治療：在原治療的基礎上用高壓氧治療，但由於治療要求條件嚴格、療程長、費用高，難以普及。
2、輔助生殖技術：少精症常規方法治療無效時選擇進行輔助生殖技術，進行受孕。
3、抗感染治療：對於生殖系感染可通過抗感染藥物控制感染，可明顯改善精液的質量，增加精子的產生，增加受孕的機會。