生殖器皰疹具有容易復發的特點，其治療主要是抗病毒治療，目前尚不能做到徹底根治，在治療後能有效緩解疼痛、縮短病程、防止繼發感染等併發症發生。目前常用的藥物是阿昔洛韋和泛昔洛韋，對局部需保持清潔、乾燥，繼發細菌感染的患者可外用或者靜脈使用抗菌藥物，疼痛明顯時可口服非甾體類鎮痛藥，例如布洛芬、雙氯芬酸鈉，同時需增強身體免疫力防止復發。