生殖器皰疹的危害，主要表現在如下幾個方面：生殖器皰疹可引起播散性皰疹，皰疹性腦膜炎，前列腺炎，直腸炎，盆腔炎，脊髓神經根疾病。生殖器皰疹還可以引起人工流產後不孕症以及男性不育症。生殖器皰疹還可以引起子宮內的感染和新生兒的感染。生殖器皰疹常與其他性傳播疾病，比如淋病，非淋球菌性尿道炎，梅毒，尖銳溼疣，陰道念珠菌病，滴蟲等混合感染。