臉部扁平疣的根治方法，如下：
第一、如果數量不多，採取局部的物理治療，比如激光、冷凍等，將所有的扁平疣皮損都清除乾淨，基本上可以做到根治。
第二、如果是數目比較多，可以配合外用的抗病毒，提高免疫的藥物，比如干擾素凝膠、咪喹莫特霜等。經過一段時間之後，也有助於扁平疣的根治。
第三、可以考慮系統性使用免疫調節的藥物，比如左旋咪唑、轉移因子、胸腺肽等等，通過刺激機體的細胞免疫，能夠幫助排斥和清除體表的人乳頭瘤病毒，這樣也能使扁平疣得到根治。
第四、比較頑固的扁平疣，可以考慮做自身疣體埋植術，對於頑固的扁平疣也有根治的效果，可以嘗試使用。