酞丁安軟膏和阿昔洛韋軟膏比較來說，酞丁安軟膏更適合用來治療扁平疣。阿昔洛韋軟膏是一種抗病毒藥物，主要治療侷限於一些皰疹病毒，包括單純皰疹病毒、水痘-帶狀皰疹病毒等等，但是扁平疣不是皰疹病毒引起來的，而是人乳頭瘤病毒感染所引起來的皮膚病變，所以使用阿昔洛韋軟膏來治療扁平疣是無效的。
酞丁安軟膏的成分酞丁安也是一種抗病毒的藥物，對於單純皰疹病毒、水痘-帶狀皰疹病毒也是有效的，但是它的抗菌、抗病毒作用似乎更廣泛一些。有研究表明它對於沙眼衣原體，還有皮膚癬菌等真菌都有比較好的治療作用。雖然沒有實驗研究證實酞丁安對於人乳頭瘤病毒也有明確的抑制作用，但是臨床上確實有人使用酞丁安軟膏治療扁平疣，有治療成功的報道，所以臨床上它還是有一定效果的。當然具體作用機制有待研究，不排除有一些新的抗HPV病毒的機制使酞丁安對扁平疣治療有效。