單純皰疹的治療原則為縮短病程，防止繼發細菌感染和全身播散，減少復發和傳播機會。內服藥物治療主要是抗病毒藥物和免疫調節藥物。常用的核苷類似物有阿昔洛韋，伐昔洛韋，泛昔洛韋，對核苷類藥物耐藥時可使用磷甲酸鈉。免疫調節藥物，包括轉移因子，左旋咪唑，白介素，免疫球蛋白，干擾素，胸腺肽等，有預防和減少復發的作用。初發型單純皰疹，可以服用泛昔洛韋750mg/d，分3次口服，療程5-7天。頻髮型的單純皰疹，1年復發6次以上，為減少復發次數，可以應用病毒抑制劑治療，即阿昔洛韋600mg/d，分3次口服，或伐昔洛韋500mg/d口服，一般需連續服用6-12個月。外用藥物可以選用噴昔洛韋軟膏，爐甘石洗劑等。