目前陰莖癌的治療主要是手術治療、化療和放療。對於腫瘤侷限沒有出現遠處轉移的的主要是通過保留陰莖治療（包括單純包皮環切手術、局部激光治療和放療）、陰莖部分切除術、對於有區域淋巴結轉移的需要行淋巴清掃術，最常見的是腹股溝淋巴結活檢和腹股溝清掃術。對於有遠處轉移病灶的也可以行遠處病灶切除術。對於晚期陰莖癌的可以選擇放療和化療。