臨床上要根據竇性心律不齊的原因及嚴重程度來決定患者如何治療。對於輕度竇性心律不齊的患者，平時沒有任何臨床症狀，也不合並任何器質性疾病，可以暫時不給予治療。而對於顯著竇性心動過緩伴有心臟停搏的患者，建議要積極的給予提高心室率的藥物改善患者的臨床症狀，必要時安裝永久性心臟起搏器，以降低心源性猝死的發生。對於竇性心動過速伴有不齊的患者，要積極給予控制心室率的藥物，改善患者的臨床症狀。