化膿性扁桃體炎高熱不退，首先要查找化膿性扁桃體炎高熱不退的原因。化膿性扁桃體炎首選的藥物治療為抗炎藥物治療，常見的為青黴素類或者頭孢類的抗炎藥，如阿莫西林克拉維酸鉀、頭孢克洛、頭孢克肟，以及頭孢類的注射針劑等。具體是選擇口服給藥還是靜脈給藥，要根據患者的症狀以及全身免疫力情況而定。
如果上述藥物治療2-3天，患者症狀不見減輕，反而加重，同時伴有明顯的高熱，那一定要分析原因，根據局部分泌物的細菌培養鑑定結果來選擇敏感的抗生素。更換抗生素以後，如果對症，那扁桃體炎引發的高熱可消失。如果患者症狀比較嚴重，可以考慮口服解熱鎮痛類藥物，如布洛芬等。患者全身以及局部症狀比較重，在排除了其他系統感染以後，可以考慮全身應用糖皮質激素，如注射用甲潑尼龍琥珀酸鈉等。而對於某些化膿性扁桃體炎，伴發有扁桃體周圍炎或者扁桃體周圍膿腫的患者，也可以出現高燒不退的情況，如果併發了明顯的扁桃體周圍膿腫，除了全身應用抗炎藥物治療以外，還應該考慮局部穿刺抽膿以促進炎症的吸收，從而緩解高熱不退的症狀。