咽喉炎和扁桃體炎最大的區別是組織器官不同，扁桃體是淋巴組織器官，普通的咽喉炎只是局部的黏膜充血、水腫。感染的感染原相對也不同，扁桃體發炎一般以細菌性的感染為主，特別是溶血性鏈球菌或者金黃色葡萄球菌，相對來說容易被細菌感染，咽喉炎一般是病毒感染比較多見。
如果咽部或者喉部被病毒感染以後出現充血、水腫，屬於咽喉炎。扁桃體炎一般淋巴組織出現腫大的情況，這兩者的臨床症狀和部位不同。扁桃體炎發熱比較明顯或者比較嚴重，咽喉炎的發熱可能並不明顯，甚至並不發熱，相應的治療會不同。對於細菌感染的扁桃體炎需要使用抗生素，但是對於病毒引起的咽喉炎只需要對症治療。