口腔黏膜潰瘍的病程分為以下五個階段：
第一、開始出現刺癢，通常發生在潰瘍的1-2天。
第二、潰瘍初發階段是開始出現的階段，逐漸出現疼痛不舒服的症狀。
第三、潰瘍擴大、加重，是在潰瘍出現的第3-6天，這個時候症狀相對嚴重，周圍組織也有一定的反應。
第四、病毒逐漸得到消滅，潰瘍開始好轉或縮小。
第五、最後一個階段是潰瘍完全癒合，一般需要8-12天。
口腔黏膜潰瘍大多數是有自限性的，只要身體抵抗力好、加強口腔衛生會逐漸癒合。如果局部的腫痛不是很嚴重，多漱口、多刷牙、保持口腔衛生、提高身體抵抗力、好好休息一般很快就能癒合。如果腫痛很嚴重，影響患者的生活，尤其是出現發燒或者是進食比較差的情況，可以到醫院的口腔科進行就診。