女性經常口腔潰瘍的原因很複雜，目前病因還不是很確定，存在著分歧。有的人認為和免疫系統有關，得了口腔潰瘍的人，往往細胞免疫或者體液免疫出現異常。還有的人認為和遺傳有關，往往具有家族易感性。還有人認為和一些全身系統性疾病有關，比如反覆口腔潰瘍的人，也容易出現胃潰瘍、腸黏膜的潰瘍，或者潰瘍性結腸炎。也有的人認為和內分泌系統功能紊亂有關，比如在女性，就經常在月經期出現口腔潰瘍，這就和內分泌系統，雌激素或者孕激素的增加或者減少有關，還有的人認為複發性口腔潰瘍還和血液黏稠度有關。