頑固性口腔潰瘍的病因，需要根據具體口腔潰瘍的發作情況，來進行分析。所謂的頑固性口腔潰瘍可以包括口腔潰瘍反覆發作，但是在口腔內換部位發作，就是複發性口腔潰瘍。病因不清，有多種因素可以導致。具體如下：
1、機體免疫力低下：由於微量元素缺乏、偏食，以及睡眠不好，都可以導致複發性口腔潰瘍的發生。
2、局部創傷：考慮頑固性口腔潰瘍的發生由於局部創傷因素所導致，常見的有口腔內有殘根、殘冠，尖銳的邊緣容易刺激局部的黏膜，反覆發生口腔潰瘍，去除創傷因素，這種口腔潰瘍才能逐漸地好轉和癒合。
3、癌性潰瘍：頑固性口腔潰瘍，常見的就是在口腔內一個特大型的口腔潰瘍，面積比較大，並且病程特別長，局部沒有創傷性因素，病程超過1-2個月，需要警惕是否有癌性潰瘍的發生，應及時到口腔科門診進行排查。